31 Einsätze für die U21-Nationalmannschaft: So viele wie Fabian Ernst hat keiner vorzuweisen. Unter Trainer Hannes Löhr war er, wie in jeder anderen Jugendnationalmannschaft und sogar im Team 2006, Mannschaftskapitän. Insgesamt kommt Ernst auf 24 Länderspiele für die A‑Mannschaft. Als er jedoch 2006 nicht für die Heim-WM nominiert wurde, verkündete Ernst seinem Namen entsprechend: „Sollte Löw doch noch anrufen, sage ich ihm freiwillig ab!“ Er machte kein Spiel mehr im Deutschland-Trikot.